Se trata de una Comisión clave por cuanto es aquí donde se ordena el trabajo del Consejo. Está integrada por personas de reconocido prestigio en el sector de la Cooperación y que, con alguna excepción, son vocales titulares de Consejo.
Tiene como objetivo el seguimiento y valoración de las políticas de desarrollo. Entre sus tareas destaca la de la preparación de los informes preceptivos sobre el plan director, las comunicaciones anuales y el seguimiento de la AOD, los informes de actividad del FONPRODE y, con carácter general, las propuestas legislativas que afectan a la cooperación al desarrollo. Se encarga además del seguimiento general del funcionamiento del Consejo de Cooperación.
Se reúne mensualmente y tiene un sistema de presidencias rotatorio.
El trabajo de la comisión, al igual que el resto de la estructura del consejo, se ordena mediante un plan de trabajo.